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随着WMS的广泛应用，需求越来越丰富，不同行业的特点非常突出。反过来对WMS提出了不同的需求。从大的分类看，WMS的应用可以分为四类：即生产企业、流通及零售企业、电子商务企业以及三方物流企业。此外，物流教学衍生出的物流实训中心，也有着鲜明的特点，其WMS更是与众不同。
生产型企业生产企业或生产型企业是WMS系统面对的最广泛的业务类型，也是WMS最早应用的企业类型。生产企业行业广泛，门类繁多，而且也有各自的特点。但总体说来，可以归类为原材料管理和产成品管理。
典型的生产企业包括汽车制造厂（以及与此类似的机械设备制造业，如航空航天、高铁、军工制造等），白色家电制造企业，计算机制造企业，烟草生产企业，医药生产企业，化工制造企业，食品、饮料、酒水生产企业，服装生产企业，图书印刷企业等。
制造业的原料供应的采购周期相对比较长，为了维持正常生产，一般会有几个月左右的库存。但原料种类并不会很多，这是其特点之一。从维持生产的角度来看，原材料要能够及时供应到生产车间和生产工位。通常，一个流水线的生产工位会在一段相当长时间内维持生产一种产品，如一天或半天时间，原材料的配送则要求按照生产节拍及时供给。生产线有多种形式，比较流行的有流水线和CELL线，流水线比较固定（现在也有很多柔性的生产线），而CELL线则适合于定制化生产。
原料供货到生产线时，一般要求配盘，即按照工位要求将原料按照消耗比例配好，一次或几次送出所有物料，以便减少配送次数和减少工位库存压力。这种配盘（有时也称为“配方recipe”）作业是生产物流的一个显著特点。
由于存在原料的品质问题、缺货问题，故有些原料要求紧急补货，以维持生产。紧急补货在生产物流中是常见的。剩余原料还要求回库，这与退货流程是不一样的。回库的物料还要进行储存，由于已经完成配方，回库过程就变得比较麻烦，这是WMS的一个难点。
一般工厂都有成品库（个别商品不需要储存则没有成品库，但这样的情况很少）。工厂的成品库品种不会很多。如医药生产，一般只有几十个到几百个品种，有的甚至只有很少的几个品种，这样就为自动化作业打下了基础（比如自动码垛，自动输送，自动存储等）。立体库在很多情况下是首选，因为存储效率高，易于实现自动化。但也有采用叉车库和平库存放的例子，如汽车整车线成品库。此外，密集存储系统广泛适应于少品种的生产企业，如酒水、牛奶等。
成品的配送一般数量比较大，很少有拆零，因此配置自动分拣系统是必要的，但也要考虑其数量。一般情况，每天发货量达到几千件且用户数较多的系统，一般要求配置自动分拣系统。
除此之外，生产企业有的还有半成品库，这是因为有的部件是自己生产，故必须为此设计库存。半成品库既不同于原材料库，也不同于成品库。
对一个机械产品和电子产品生产企业来说，主要业务有元器件和部件生产，也有组装车间，WMS要管理的有原料库、外购件库、部件库和成品库等。而对于食品、卷烟、医药生产企业来说，可能主要是原料、包材、成品仓库，其作业流程还是有一些差异的，WMS的功能也就不一样。
很多情况下，工厂原料仓库远不止一个。以德国SEW位于德国的工厂为例，原料和半成品、外购件库有5~6个之多，工艺各异，WMS系统的难度也相应增加。
在工厂的物流系统中，AGV和机械手被广泛应用，尤其是AGV，由于其良好的机动性，在车间穿梭比输送机系统要灵活方便很多。而机械手对于完成自动化生产（包括装配和成品码／拆垛等），应用也越来越普遍。
流通及零售企业
物流的另一个大类是流通及零售企业。其特点是规模大，品种规格相对多。如医药流通企业，一般规模以上的企业基本的品种数超过10000个，这是生产企业所没有的。
典型的流通及零售企业包括我们所熟知的大卖场和便利店，医药行业有医院和药店，图书有新华书店，传统的百货商场也是重要的形式。这样的业务情形，决定了订单量较多，每个订单的数量也比较大。WMS在处理这一类业务时，会与生产企业有很大差异。
流通企业的物流管理系统相对比较复杂一些，这是由其业务特征和自身复杂程度决定的。从业务类型来说，既有大宗批发，又有零售及门店业务，每一类型的物流仓储系统侧重点不同，因此WMS的策略就比较多。
一个物流中心往往有多种储存方式和拣选方式，这是流通性物流中心的特点。所以其作业流程就会相对复杂。对WMS来说，如何提高作业效率和准确性是关键。
流通领域的物流中心规模都不小，有的几万平方米甚至更大（当然也有小的系统，不在此讨论之列）。因此，存储策略、路线优化、拣选策略都是WMS所必须关注的。这也是其特点之一。
还有一点就是流通领域的订单与生产型订单也是不一样的，几乎没有完全相同的订单。订单的可预见性也差。客户每天的订货不一样，订单管理变得更加重要一些，产品的追溯也不容易实现。订单的千变万化为订单分解带来困难。
对于有的系统来说，拆零是其主要工作。以图书为例，拆零拣选成为一个巨大的问题。一个订单有几百行，拆零的并箱策略和计算就显得尤其重要，并且也是WMS的一个重点，这在生产系统中是没有的。
正是由于这一情况，WMS系统如何有效进行整件和拆零业务的处理，体现WMS的能力。由此形成的作业流程、设计方案也是完全不同的。
为了有效进行作业，“波次”的概念被提出。这是非常重要的一个概念。简单来说，波次就是把订单进行分类处理的一种策略。一个波次会包含一个配送路径或多个配送路径下的所有订单。这样有利于进行提总作业和减少分拣机的压力，尤其在自动化立体库场景下，波次策略对于减少堆垛机的作业压力是有非常大的作用的。