邦物流成立伊始即定位于快速消费品配送之精细物流配送，精细物流运营绩效关键在于项目管理水平及营运管控力度，为此益邦陆续在全国设立全资直属分公司和营运分部共计38处，以保证运作质量之统一及营运管控之高效敏捷。目前公司正有计划的逐步增加直属营运分部的数量以求不断提升终端管控力度，并将配送网络向全国乡镇一级延伸。
在营运架构设计方面，公司尽最大可能减少决策层级以提升反应灵敏度。在具体项目管理上实行项目经理负责制，各地分部经理向所属项目经理直线汇报。各营运分部之作业资源安排需保证分部所负责所有项目的考核指标。