中国电子口岸较之现行的口岸管理模式具有不可比拟的优越性：
一、一个公共数据中心，集中存放电子底帐，信息资源共享。以前，企业想要和政府部门联网，必须分别联网，政府部门之间数据不共享，联网的效果不明显。通过中国电子口岸，企业只要与电信公网连接，就可以透过公共数据中心在网上直接向海关、国检、外贸、外汇、工商、税务等政府管理机关申办各种进出口手续，各政府部门也可以在网上办理各种审批手续，从而真正实现了政府对企业的“一站式”服务。透过数据中心，企业还可以获得运输、仓储、银行、保险等行业的中介服务，企业间也可以进行联网，从而实现真正意义上的电子商务。
二、完全基于公网，系统开放性好，提供全天候、全方位服务。企业利用电信公网实现对公共数据中心的接入访问，企业在任何时候、任何地方只要拨打本地电话就可以与Internet联网，并透过数据中心办理业务。
三、入网成本低。登录中国电子口岸网站，企业只需配备一些简单设备，数据中心提供免费的系统安装软件，比EDI 方式成本低。而且，相关管理部门提供免费技术、业务支持，企业将得到更多的实惠。
四、系统直观、易学，操作简单。中国电子口岸以Windows操作系统为平台，普遍应用的IE等浏览器为工具，建立起和用户交互式的友好界面，系统提供一系列丰富的在线帮助和业务规范、操作指南查询，使用户轻松实现网上办公。
五、多重严密的安全防护措施使系统安全可靠。中国电子口岸采用了国际标准和国内自主开发的高强度密码设计，在网传加密、网络隔离防护、机房设施安全以及身份认证、权限设置以及数字签名等安全方面采取了多重严密的安全防护措施，防黑客、防病毒、防偷窥、防抵赖。并且，该系统由政府部门直接管理，处在政府部门严密管理下，安全有保证。
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