我们看到，在仓储环节同样存在着重复计税的情况。多缴纳的税额要么挤压了物流企业的利润，要么引发连锁反应最终推高了物价。专家告诉我们记者，出现这样的结果是因为我国到现在为止还没有对物流行业做出一个精准的定位，物流业税种繁多而且混乱，重复计税的现象比比皆是，这样的局面让物流业的联合运输不堪重负。
广州番禺货运码头，宏峰物流公司的总经理张晶林和船务总监黄毫生在监管从广州运往海口的一批货。这是一批近千吨的钢材(4818,-12.00,-0.25%)。虽然他们以1万九千元的价格拿下了这个单子，但在转包给码头的过程中，实际毛利润只剩下216元，其中需要缴纳的税额是1345元，其中包含重复纳税657.35元。重复纳税额是利润的3.04倍。
广州宏峰物流有限公司 总经理 张晶林说：“客户其中在码头有一笔装卸费用，本身这笔装修费用码头已经是交了税。”
这笔重复征税是怎样产生的呢？财务经理刘锦东给我们拿出了这单货的整套票据。从广州到海口的整体运费是19902元，交税是688.34元。货物到达码头，物流公司就只能履行监管义务，把涉及码头搬运的项目外包给码头，但码头是独立法人，所有在码头产生的搬运费用不能抵扣，还得再缴一次装卸税。
广州宏峰物流有限公司 财务总监 刘锦东说：“分包出去，就是18998.2元，码头分包出去的费用我们取得对方的发票，这个肯定对方已经交税了，这是已含税费了，这里面所包含的税费就是657.35元。”
货物到达码头，物流公司就只能履行监管义务，把涉及码头搬运的项目外包给码头，但码头是独立法人，所有在码头产生的搬运费用不能抵扣，还得再缴一次装卸税。
广州宏峰物流有限公司 船务总监 黄毫生说：“码头装卸费这个费用是我们无法抵扣的，就变成我开票给客户结算的时候，我这部分拿回的成本抵不了税，等于是码头这个装卸税已经交过了，(我们)还要再交一次。”
总包物流企业按19902的结算价交了688.34元的税，分包码头按18998.2的承包价又交了657.35元的税，双方加起来等于是按38900元交了税，多缴纳的657,34元属于重复缴税。广州宏峰物流有限公司 财务总监 刘锦东分析，重复计税，加重了企业的运输成本，自然会转移到商品价格上去。而物流公司完成者单业务，的毛利润只有216元，已算微利。
广州宏峰物流有限公司 财务总监 刘锦东说：“我们通过详细的算账，码头的装卸环节我们所实现的差价收入，钢材19902.85元这个差价收入，扣掉我们分包出去的装卸成本，这个差价就是904.65元，还要扣掉这个环节的税费688.34元，所以说扣掉以后，这个环节所创造的毛利实际上就是216.31元，所以毛利还不包括人工费，我们还派车子这些费用。”
总经理张晶林告诉记者水运码头的业务量占了公司的一半左右，这种重复纳税每天几乎都在发生，公司每年重复纳税的额度最少有几十万 。有的业务，如果客户给的价格过低，他们就只能忍痛割爱。
桂寿平，中国物流学会常务理事，在他的研究中发现，水路与陆路，公路与铁路的联运业务，已经成了重复纳税的重灾区。
中国物流学会常务理事华南理工大学经济与贸易学院副院长桂寿平说：“这个问题作为我们这个物流税收来讲，是一个税制的研究课题，这个方面应该是把各个地区的各个部门，税务部门应该协调在一起，分段纳税，一票，然后每个环节纳多少税要切割开来，这样使各个地区都能得到自己的税收，对企业来说也规避了这种重复纳税。”
桂寿平解释说，目前网络化经营、一体化运作是物流企业的基本运行模式，物流企业一般都是依靠加盟或者成立子公司来扩大网络以吸引更多客户，此外还会跟其他公司通过转包、联运、挂靠等多种方式合作，通过整合各种物流资源来降低运营成本。但是按照现行纳税政策，每转包一次，就要开一次票、纳一次税。专业分工越细，交易次数越多，重复纳税额度就越大。
中国物流学会常务理事
华南理工大学经济与贸易学院副院长 桂寿平
从多式联运这个概念是非常好的，但是因为税收是划地为牢的，因为各地的税收是管自己的，分灶吃饭，所以我们国家税制的一个实际问题，目前很难打破这个禁闭。
市场经济崇尚精细分工，每一个工种犹如一个个庞大机器上的齿轮，咬合紧密才能维持一个高效运转的循环体系。但是我们非常遗憾地看到，由于重复计税这种合法不合理的情况存在，分工越细，缴纳的税款越多，这样就导致利润越低。许多企业宁愿选择分工少、效率低的方式来运营，仅仅是为了少缴税，保住利润。这样的市场规则，最终会让整个物流行业的效率变得越来越慢。
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