自动化控制程度低迷
国外冷库的制冷装置广泛采用了自动控制技术，大多数冷库只有1～3名操作人员，许多冷库基本实现夜间无人值班。而我国冷库的制冷设备大多采用手动控制，或者仅对某一个制冷部件采用了局部自动控制技术，对整个制冷系统做到完全自动控制的较少，货物进出、装卸等方面的自动化程度普遍较低。
冷库利用率普通偏低
国内的冷库库体高度一般设计是高5m左右，但是在实际操作应用中，尤其是无隔架层的冷库利用率低于50%，假如物品堆码的高度一旦超过3.2m时，外包装为纸箱的食品，因重压变形、吸潮等原因极易出现包装破裂、倒塌等现象，导致食品品质下降，造成较大的经济损失。
商业冷库价格竞争激烈
近几年随着冷库数量的增加，除部分食品生产企业、科研单位自备用于存放食品原料或用于科研试验的冷库外，商业冷库出租转让频繁，行业内低价竞争激烈，加之高温库和低温库比例失衡以及地理位置的差异，存贮肉类及速冻食品的低温库供不应求，大量的高温库闲置待用，导致大多商业冷库经营企业经济效益不佳。
冷库的制冷系统维修措施不力，冷库设备设施严重老化
制冷机的正常维修周期一般为运转8000～10000h即应进行大维修；运转1000h进行小维修；运转3000～4000h进行中维修。定期对制冷系统进行维修、保养，可以及早消除事故隐患。因为国内大多数冷库尤其是90年代以前所建的冷库，冷库设施设备陈旧、管道严重腐蚀、墙体脱落、地基下陷、压力容器不定期检验，普遍开开停停，带病运营现象十分严重。
国内部分冷库设计不尽规范，存在诸多安全隐患
国内很多冷库的安装操作人员未经专业培训无证上岗，管理人员安全意识淡薄。很多冷库属于无证设计、安装，缺乏统一标准，特种设备安全技术档案缺乏的现象较为普遍。部分容积500m2以上以氨为制冷剂的土建食品冷库，其地基处理、库址选择、制冷设备安装等严重不符合《冷库设计规范》（GB50072-2001）的要求，存在诸多安全隐患。许多冷库名为气调库却达不到气调的目的，部分低温库刚建成就处于面临停用或只能按高温库降级使用的局面。
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