目前，社会已进入了一个风险管理的时代，要求企业必须了解风险、识别风险和学会控制风险。同样，对于从事现代物流（第三方物流）的企业来讲，风险的评估与管理是使其健康发展和高效运作的保证。谁能将风险降到最小范围、最低程度，且能事先将风险予以转移，谁就能获得最大的利润。
物流商面临的风险
与客户合同的责任风险
物流商与客户之间的法律责任主要体现于双方所签的合同，目前在签署这类合同中，人们发现某些大客户凭借自己雄厚的经济实力，在谈判中往往处于有利的地位，提出一些特别的要求与条件，而物流商常常迫于商业上的压力而接受某些苛刻甚至是“无理”的条款。合同中订立此类极不合理的条款，一旦产生纠纷，后果可想而知，有可能会导致物流商破产。
与分包商合同的责任风险
物流商是所有“供应链”的组织者，其中有的“供应链”由自己负责，有的“供应链”需要委托分包商来具体实施。但实践中物流商常常期与资信好的分包商合作，不仅能降低物流经营的成本，也可使物流商的责任风险降到最低点。反之，如遇到一个资信差的分包商，甚至分包商突然宣布破产或倒闭，物流商的损失更无法得到弥补。在与分包商合作中即物流运作的全程中，当客户发生损失时，无论是物流商的过失还是分包商的过失，都要由物流商先承担对外赔偿责任。尽管物流商在赔付后，尚可向负有责任的分包商进行追偿，但由于物流商与客户和分包商所签合同分别是背对背的合同，因此所适用的法律往往是不一样的，其豁免条款、赔偿责任限额及诉讼时效也是不一样的，致使物流商常常得不到全部赔偿。
与信息系统提供商合同的责任风险
物流商要想开展物流服务离不开信息技术，而物流商在利用信息技术时面临着以下两个问题：一是信息系统出现故障；二是商业秘密受到侵犯。一旦信息系统发生故障造成物流商的业务无法正常进行，不能及时履行向客户提供信息的服务，甚至资料全部丢失，损失相当巨大。解决此类纠纷时，如果合同中根据有关法律明确地划分了双方的责任，则纠纷容易解决；如果没有作出明确的规定，同时既查不出原因，又确定不了责任方，则纠纷就很难解决。所以，物流商在与信息系统提供商签订合同时应明确双方的责任，明确信息系统提供商在何种情况下需承担多大的责任是十分重要的。
承担第三者法律责任风险
物流商除基于上述三种合同关系要承担责任外，还基于侵权行为要承担第三者法律责任，而且因第三者责任引起的赔偿有时也是相当惊人的。另外，物流商用自己的船舶，尤其是承运原油的船舶发生漏油，引起周围的生命财产损坏或造成环境污染时，也要承担第三者责任并给予赔偿。
除了上述所提及的风险，物流商还要面对投资、提供物流方案、提供金融服务、商品特性及责任范围加大等带来的一系列风险。
风险防范的措施
制定物流特别法
目前，与物流有关的各种政策和法规为数不少，专门针对物流的法律法规尚没有，而现存的法规又不可避免地存在着某些不适应的问题，例如：相互抵触的问题，如何适应ＷＴＯ条件下的现代物流市场问题，以及是否有利于现代物流的发展等？现代物流的政策和法规无疑是影响物流发展和降低现代物流风险的一个重要因素。法律滞后，就会有人钻法律的空子，造成不公平竞争下企业的压力和破产。呼吁立法部门尽早制定有关现代物流的特别法来调整这一全新的法律关系，该法律的出台，将有利于加强对现代物流的监督管理，明确有关各方的权利和义务。
规范与协调行业管理
随着我国物流行业的发展，物流市场的主体不断增加，物流市场的竞争不断加剧，物流行业协会对物流市场的规范与协调作用也越来越重要，发展和完善物流行业的自律已经提上日程。
现在与物流相关的协会、学会、联合会等已不在少数，都自称权威，各自为政，但实际上缺乏一个真正具有权威性，能起到协调、管理物流方面事务的行业机构。所以呼吁尽快成立一个物流行业协会来协调统一物流商的活动，营造一个正常而又健康的物流市场环境，使之规范经营，合理竞争，有利于降低其风险与促进物流业的发展。
采取防范措施
从源头抓起
与一家资信好、业务操作非常规范的客户进行合作是物流业风险防范的起点，选准这样的客户，即使出现一些问题，也能较快较好地协商解决。
签订合同需慎之又慎
现代物流不是简单的代理、运输、仓储、保管、报关等合同的签订。它所出售的是一个方案，是按一定流程管理的设计方案，该流程要解决企业的各种疑难问题，达到简化程序、减低成本、提高管理水平、提高企业经济效益和市场竞争能力的效果，合同涉及的环节多、时间长、要求复杂。所以签订时应注意：合同的合理性，完善性及是否具有可行性，是否考虑到其经济性等。
投保责任险获得保险理赔
有关现代物流业务的风险保险已在逐步开展，但大多数的传统物流商还只停留在投保货运代理责任险的阶段。所以一些专门从事现代物流的物流商应慎重考虑投保自己的责任险，将其责任风险事先予以转移才是上策。值得注意的是，当所适用的法律与合同条款中的物流商免责条款越少，赔偿限额越小，保费就越高，反之，保费就越低。由一家物流商分散单项去投保，营业额较小，保费较高，由几家公司集中多项去投保，营业额较大，保费较低。当然，影响保费高低的还有其它一些因素，如公司的资信情况、营业额的大小、人员的素质、管理水平的高低、采用运输工具的好坏、何种运输方式、去哪些地区与国家，适用何种法律以及采用何种设施、何种单据、有无豁免条款、责任赔偿限额条款、曾发生过事故与否等等。
另外，物流商之所以要投保其责任险，目的就是为了当发生风险导致物流商承担责任时，能及时从保险公司得到赔偿，而索赔手续对于物流商来说，是极为重要的。
成立应急中心处理突发事件
成立处理“突发性”事件的应急中心，由具有权威性和有经验的人员组成。在加强风险的预防和控制的基础上，建立起风险发生的应急管理机制。
高度重视商品的特殊性
对每一个项目都要进行评估，分析风险的性质，找出主要风险可能在哪几个环节，而最容易出问题的又在哪里，从而给予高度重视；尤其对一些特殊商品，如贵重的且价值高的商品及危险品，或条件较苛刻的，如在运送时间方面要求严格的物品；当信息发生故障，引起电脑系统失灵时，对于特殊商品更要有一套应急的机制与处理办法。
有效补救办法
当风险发生时，应尽早向上级报告，防止损失的扩大。平时所有员工都应详细阅读并牢记过失与疏忽之避免规定，使工作尽可能准确、安全。然而，如果确实发生了差错，千万不要试图隐瞒。错误或疏忽处理得越早，就越有机会阻止更加严重的问题发生。
建立风险评估机制
现代物流的建设投资较大，周期较长，效益较好，风险也较大。因此，开拓现代物流业务只有规划是不行的，须邀请曾经做过现代物流项目、既有理论又有实践经验的人士，从规划的另一方面，配合规划做出一份客观的、实事求是的、既有现象又有分析的“风险评估报告”。
制定风险管理程序
根据实际情况制定出一套风险管理程序，并严格按照程序进行操作。并且不断的进行风险管理的培训，增强风险意识，尤其是各级领导的风险管理观念与知识。
总之，现代物流的风险涉及的范围很广，风险的各种类型差别也很大。我们可将风险的大小量化为发生频率或概率，即很少发生、经常发生或者频繁发生；也可以根据结果量化为轻微的、严重的和灾难性的。风险的类型可以初步划分为运作事故、运作灾难以及更为战略性的风险。而对于不同类型的风险应采取不同的风险管理，例如分摊、转移、降低或避免。